Sefydlwyd Undeb Bedyddwyr Cymru yn Llanwenarth ar 21 Awst 1866 a chynhaliwyd y cyfarfodydd cyntaf yn Eglwys y Tabernacl, Caerfyrddin yn 1867. Ar y dechrau yr oedd nifer o’r Cymanfaoedd yn gwrthwynebu sefydlu’r Undeb, ac yn eu plith Cymanfaoedd Brycheiniog, Morgannwg, Mynwy a Phenfro. Ofn y collai’r eglwysi eu hannibyniaeth, ofn presbytereiddio’r enwad, oedd yn bennaf gyfrifol am y gwrthwynebiad.
Cynyddodd rhif yr aelodaeth yn aruthrol yn ystod ail hanner y bedwaredd ganrif ar bymtheg ac erbyn diwedd y ganrif yr oedd i’r Undeb dros gan mil o aelodau. Pwysleisiodd T M Bassett, awdur y gyfrol ‘Bedyddwyr Cymru’ nad cenadaethau cartrefol na diwygiadau ysbeidiol a fu’n bennaf gyfrifol am y cynnydd, nac ychwaith yn nifer y capeli. Roedd y Cymry ar gerdded yn ystod y cyfnod hwn; dylifai pobl i gyfeiriad y diwydiannau newydd, y gweithiau haearn a dur, a’r pyllau glo. Cynyddodd y boblogaeth yng nghymoedd Morgannwg a Mynwy a rhannau o Sir Gaerfyrddin a thyfodd pentrefi o gwmpas y pyllau glo. (Gweler Gareth O Watts, ‘Braslun o Hanes yr Adran Gymraeg 1866-1999’ yn ‘Undeb Ysbryd a Rhwymyn Tangnefedd’).
Daeth yr Adran ddi-Gymraeg i fodolaeth yn 1913 pan benderfynwyd creu Adran ar gyfer y Cymanfaoedd di-Gymraeg a chynhaliwyd y cyfarfod cyntaf o’r adran hon yn Llanfair-ym-Muallt yn 1915. Ychydig o flynyddoedd yn ddiweddarach yn 1922 addaswyd y Cyfansoddiad er mwyn sicrhau bod gan yr Adran ddi-Gymraeg ei Llywydd, Is-Lywydd a’i Chyngor ei hun. Yn 1930 penderfynwyd y byddai’n rhaid i bob eglwys fod yn aelod yn un o Gymanfaoedd yr Undeb. Golygai hyn mai Undeb o Gymanfaoedd oedd Undeb Bedyddwyr Cymru, yn wahanol i Undeb Bedyddwyr Prydain lle’r oedd yn bosib i Eglwys unigol fod yn aelod o’r Undeb heb ei bod yn aelod o Gymanfa.
Mae gan Fedyddwyr Cymru hunaniaeth ar wahân i Fedyddwyr Lloegr, er iddynt dyfu o’r un gwreiddyn. Yn y blynyddoedd cynnar, yn arbennig, yr oedd y mwyafrif yn Galfinaidd (neu Neilltuol) eu diwinyddiaeth, gan arfer cymundeb caeth, ac felly cawn fod llawer o weithredoedd capeli yn cyfeirio at eu deiliaid fel ‘Particular Closed Communion Baptists’. O ran traddodiad, bu Bedyddwyr Cymru yn wrth-glerigol (gan ymwrthod â gwisg offeiriadol a’r goler-gron) ac yn gryf o blaid yr egwyddor gymanfaol yn eu trefniadaeth. Undeb o Gymanfaoedd yn hytrach nag Undeb o eglwysi yw Undeb Bedyddwyr Cymru. Dwy ordinhad sydd gennym, sef y Bedydd Trochiad a’r Cymun. (Gweler ‘Y dechreuadau hyd sefydlu’r Undeb 1649-1866’, D. Hugh Matthews a John Rice Rowlands yn ‘Y Fywiol Ffrwd’, tud.7).
Ers y dyddiau cynnar hynny pan sefydlwyd yr Undeb yn ail hanner y bedwaredd ganrif ar bymtheg (19fed), gwelwyd twf aruthrol yn nifer yr eglwysi gydag aelodaeth yr Undeb yn cyrraedd ei anterth ar ddiwedd y bedwaredd ganrif ar bymtheg, ond fel pob enwad bu’n rhaid wynebu realiti y cyfnod ôl-Gristnogol a’r cynnydd aruthrol mewn seciwlariaeth yn yr ugeinfed ganrif (20fed). Wrth i nifer yr eglwysi leihau aeth yr Undeb ati i weithredu mewn ffyrdd newydd a chadarnhaol gyda phwyslais amlwg ar fentrau cenhadol a gweinidogaethol. Yn 2005 penodwyd y Parchedig Marc Owen yn Ysgrifennydd Bywyd Eglwys yr Undeb a bu wrthi am sawl blwyddyn yn cefnogi ac yn darparu arweiniad i nifer helaeth o’n heglwysi a’n gweinidogion gyda llawer yn elwa o gynllun yr Hedyn Mwstard. Yn dilyn penderfyniad Marc i ddychwelyd i’r weinidogaeth penodwyd y Parchg Simeon Baker yn olynydd iddo fel Cyfarwyddwr Cenhadaeth yn 2012. Yn ogystal, gyda’r pwyslais ar genhadaeth yma yng Nghymru, sefydlwyd partneriaeth rhwng UBC a Chymdeithas Genhadol y Bedyddwyr pan benodwyd Dr Menna Machreth yn Gydlynydd y Genhadaeth. Gwelwyd ffrwd o weithgarwch, gan gynnwys sefydlu’r Tîm i Gymru, Cynllun Interniaeth, Cynllun Gweithwyr Tramor, ac yn fwy diweddar hyfforddiant cenhadol Forge Cymru mewn partneriaeth gyda Cam Roxburgh o Ganada. Yn 2021 penodwyd Mr Carwyn Graves yn olynydd i Menna Machreth gyda phwyslais y swydd bellach ar ddatblygu dulliau digidol o gyfathrebu a chenhadu. Yn y penodiadau hyn gwelwyd ymroddiad yr Undeb i gynorthwyo eglwysi yn y gwaith o genhadu mewn ffyrdd newydd ac i feithrin perthynas gref rhyngom fel Eglwysi, Cymanfaoedd ac Undeb.
O ran Corfforaeth Undeb Bedyddwyr Cymru, yn 2015 penderfynwyd penodi Cydlynydd er mwyn darparu cefnogaeth ac arweiniad mewn perthynas â‘r adeiladau. Bellach mae Mrs Helen Wyn a Dr Christian Williams yn cyflawni’r gwaith hwn ac yn barod iawn eu cymorth.
Testun diolch a llawenydd oedd dathlu pen blwydd yr Undeb yn 150 oed yn 2017 a bu hyn yn gyfle i’r ddwy Adran drefnu achlysur cofiadwy ar y cyd i nodi’r garreg filltir arbennig yma yng nghanolfan yr Halliwell, Prifysgol y Drindod Dewi Sant, Caerfyrddin.
Erbyn hyn mae’r tirlun Cristnogol yng Nghymru wedi newid yn ddirfawr ers dyddiau sefydlu’r Undeb. Yn ddi-os fe fydd y dyfodol yn edrych yn wahanol iawn ond credwn mai ein cyfrifoldeb yw gweithio’n ffyddlon gan sicrhau ein bod yn addasu’n briodol i’r oes hon o dan arweiniad ein Harglwydd Iesu: ‘Iesu Grist, yr un ydyw ddoe a heddiw ac am byth’. (Hebreaid 13:8)
Cyhoeddwyd hanes Undeb Bedyddwyr Cymru yn 2017 o dan y teitl ‘Undeb Ysbryd a Rhwymyn Tangnefedd’ o dan olygyddiaeth D Densil Morgan (Gwasg Ilston: 2017)